O Setor de Ensino do IFMT- Campus Guarantã do Norte é responsável pelo planejamento, acompanhamento e avaliação das atividades acadêmicas da instituição. Atuando com compromisso com a educação pública, gratuita e de qualidade, o setor coordena os cursos técnicos e superiores ofertados no campus, além de apoiar ações pedagógicas, inclusão e formação continuada.

O campus oferece curso Técnico em Agropecuária, na modalidade integrado ao ensino médio, além do curso superior de Bacharelado em Zootecnia. Todas as formações são pensadas para atender às demandas regionais, promovendo o desenvolvimento sustentável e a qualificação profissional.

O Setor de Ensino também articula projetos pedagógicos, estágios, atividades de extensão, monitorias e programas de apoio ao estudante, com foco no protagonismo estudantil e no fortalecimento dos vínculos entre escola e comunidade.